脉管炎晚期往往出现肢体静息痛或者是肢体坏死，此时以解决疼痛、保肢为主要目的，因此临床上对于晚期的患者主要以手术治疗为主，而手术中最常用的就是静脉动脉化手术，也就是分期的动静脉转流术。实践证明分期的动静脉转流术，可有效重建患肢的血液循环，而且取得良好的效果，但是其造成肢体的肿胀感相对较重。
当然对于脉管炎而言，这种手术也只是暂时的处理方法，当患肢处于晚期时，往往需要进行截肢，因为此时肢端已经有溃疡或者是坏死，往往还伴随着感染，如不彻底去除病灶，可能会造成全身感染，甚至肝肾功能的损害。