女性生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起，单纯疱疹病毒分为1型和2型，其中2型主要引起生殖器部位的疱疹，男性、女性都可以发生。一般是通过不洁的性行为、性接触感染所致，也就是一方患有生殖器疱疹，而另一方与之发生了密切的接触，自身皮肤上又有破损或裂隙，就可以感染单纯疱疹病毒。经过几天的潜伏期之后，就可以形成初发的生殖器疱疹。
临床一般1-2周可以自行痊愈，但疱疹病毒会在局部的骶神经节内潜伏下来，逃避机体免疫系统的监视。当机体在以后免疫力下降的时候，比如劳累、酗酒、发烧等导致免疫力下降，这时候潜伏的疱疹病毒，就可以再次的活化，沿着神经到达皮肤，导致生殖器疱疹的复发。