巨结肠以药物治疗、保守治疗和手术治疗为主。巨结肠属于先天性疾病，在患病后以便秘为主要表现，并且随着年龄的增长症状表现会越来越严重。巨结肠在治疗上需要根据患者的实际病情决定治疗方法，对于症状比较轻微的患者，以药物治疗为主，主要采用促进肠道蠕动的药物进行改善，比如缓泻剂、甘油酸。对于诊断不明确的症状轻微的便秘，可以采取保守治疗如扩肛，也可以对患者进行灌肠治疗，通过灌肠治疗能够刺激肠道蠕动，帮助缓解便秘的症状。对于便秘症状比较严重的患者，以手术治疗为主，通常需要对患者的巨结肠进行切除，手术应当在医生指导下，根据患者的具体情况选择手术方案，并且应尽早实行。对于已经确诊的病例，通过灌肠不能缓解症状，又因多种原因没有根治手术条件的，可以选择结肠造瘘的方式治疗。