真菌引起的灰指甲外用药物主要是抗真菌的药物，可以给予渗透性好的阿莫罗芬涂膜剂或者环吡酮胺，需要连续用药6个月以上。如果病甲较少，可以尝试用小刀削取病甲之后外用联苯苄唑乳膏、特比萘芬乳膏、利拉奈酯等抗真菌的外用乳膏，每天至少使用2次。如果灰指甲指甲受累的面积较大，外用药物效果是不是很好，很难渗透甲板。最好是配合口服药物共同治疗，常使用的口服药物是伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑。有条件的患者最好是进行一下真菌培养，针对性的使用抗真菌药物效果更好。