乙肝病毒感染人体后，会经过从少到多的复制过程，机体免疫系统对乙肝病毒产生免疫反应。在产生免疫清除过程中，会产生抗原抗体复合物，对肝脏发起攻击破坏肝细胞，达到一定数量的肝细胞破坏后才能发病，临床症状才会出现。这一机体内乙肝病毒从无到有、从少到多、肝脏从无损伤到被损伤的过程就是乙肝的潜伏期，平均在六周至六个月。潜伏期之所以差别如此之大，与乙肝病毒进入机体的数量、传播的途径不同以及机体对乙肝病毒发起的免疫反应程度密切相关。例外是母婴传播导致的新生儿感染，由于新生儿免疫功能不完善，形不成有效的免疫清除反应，往往不造成肝脏损伤，而转为乙肝病毒慢性携带，临床上新生儿感染绝大多数不发病。