幽门螺杆菌治疗主要存在三大副作用：
1、会出现胃肠道不良反应，不管是选择克拉霉素或者阿莫西林，都会出现胃肠道不适症状，会伴有腹痛、恶心、呕吐以及腹泻等症状，都是因为服用药物之后所出现的不良反应，而如果把药物叠加在一起使用，胃肠道不适的症状更加明显。
2、在使用药物对幽门螺杆菌治疗时，也会导致转氨酶逐渐升高，所以建议在治疗10-14天之后就应该暂停一段时间。
3、在服用之后口腔也会伴有明显异味感，可能是因为服用药物所引发的不良反应，也需要尽快停止药物的服用。