男孩小便时疼痛则多为包皮龟头炎或者尿路感染等引起，建议到医院进一步检查明确可能原因：1、男童外观上生殖器出现明显的红肿，并且伴有局部分泌物增多，则可以考虑为包皮或者龟头感染，尿液刺激局部水肿部位时可产生明显疼痛，建议明确病因以后使用抗生素或者外涂抗生素治疗包皮龟头炎；2、外生殖器包皮，龟头没有明显的红肿，但排尿时出现明显疼痛，则考虑尿道炎或者膀胱炎，需要留取尿液做尿常规或者尿培养检查，确诊存在有尿路感染需要进行口服抗菌素治疗，尿路感染多由于局部卫生较差，或者存在有包皮过长、包茎等诱因引起。