复方木尼孜其颗粒属于中成药，上市后的不良反应报告显示，在医生的指导下辨证合理使用还比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者服药后出现恶心、腹痛、大便次数增多等胃肠道反应。一般症状比较轻微，停药后症状就可以消失，如果情况严重请去医院就诊。
对于出现胃肠道不良反应的患者，或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服药，以降低不良反应的发生率。还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。复方木尼孜其颗粒具有调节人体免疫功能、调节激素水平的作用，此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，请遵医嘱服药。