体外冲击波碎石通常对身体没有较大影响，这是由于冲击波是在介质发生变化时才会释放较大能量。如当冲击波通过皮肤、肌肉碰到密度较大的结石时，才会发生巨大的能量释放，将结石粉碎。
通常在结石1cm以下时，通过体外冲击波碎石，往往会达到较好的治疗目的。
如果结石大于1cm以上，由于一次碎石不能达到将结石打碎的目的，需要多次碎石时，就会对肾脏造成损伤，所以多次碎石对身体还是有害的。