艾灸在临床中应用广泛，如果使用不当或不适合艾灸治疗，会导致许多不良反应和副作用，如发烧时进行艾灸，或出现高血压、头晕、头痛等症状时艾灸，会导致血压升高，甚至体温再上升。
如果患者有口苦、口渴、咽干、鼻干，甚至口腔溃疡等热症，即所谓热证，阴虚阳亢，则不宜艾灸，否则会加重热症。孕妇不适合艾灸腹部，容易对胎儿造成严重的不良反应。有些患者在艾灸后出现上火症状，如眼睛发红、口干，甚至流鼻血，这时应减少艾灸频率和艾灸的时间，通常艾灸一周两次，每次15分钟即可。