气管镜检查是经鼻或口腔进入气道内进行检查。患者通常在气管镜检查时有明显的不适感，特别是对疼痛刺激敏感的患者，自觉有明显痛苦感。
患者有鼻部疼痛，部分鼻甲肥厚的患者因气管镜插入而导致鼻出血的发生，气管镜经过会咽、声门时不适感明显，患者常出现刺激性咳嗽、呛咳、咽喉部疼痛、窒息感、胸闷呼吸困难明显。
少数因气管镜操作而诱发支气管痉挛，出现低氧血症，严重者可以危及患者生命，在有慢性心肺疾病的患者中更加明显易出现。部分患者在气管镜检查后也会出现明显的咽喉部疼痛、咳血、声音嘶哑等。在气管镜检查前可以用利多卡因雾化吸入进行局部麻醉或全身短暂麻醉，以减少患者的痛苦感。