丁苯酞软胶囊的副作用最常见的是肝脏损害，可以出现转氨酶升高，所以使用的患者可以定期监测血生化，看肝功能升高的情况。如果升高非常严重，可能需要停药。
不过这个药一般急性期口服时间不会太长，也就是三周左右，所以基本都能耐受。另外有的时候可能还有些人会出现恶心、腹痛、腹泻的症状，症状过一段时间都可以消除，吃的时间长了患者都可以耐受。