怀孕期间支原体感染一定要积极的用药，对症治疗，否则支原体有可能逆行感染至宫腔，影响胚胎的生长发育，甚至造成畸形或者出现羊膜炎导致胎膜早破，造成流产或者早产。
由于是在怀孕期间用药治疗支原体，一定要谨慎，临床上常选择孕期可以应用的药物，比如阿奇霉素、红霉素，既治疗支原体，也不影响胚胎的生长发育，用药大致半个月左右的时间，停药后一周还需要到医院化验分泌物，检查支原体是否已经消失。
如果已经消失就治愈了，如果仍然存在还需要再次口服一个疗程的药物，性伴侣也需要同时口服药物治疗的，否则女性治愈，男性仍然存在支原体感染，在性生活的时候又传染给女性，就会导致女性反复发作。