部分采用睾酮进行雄激素替代治疗的男性可能会出现某些副作用，比如出现面部的痤疮，还有雄激素睾酮刺激骨髓增生，造成红细胞水平过高，尤其是使用注射睾酮的男性。
睾酮也可以出现血液黏稠的增加，造成血栓的形成，尽管这种情况极为少见，心肌梗死或脑卒中的发生，也可能风险会增加，医生会提醒患者。睾酮的治疗会增加一部分男性发生心肌梗死和脑卒中的风险，尽管这一点没有完全证实，但是医生也会交代，特别是对于年长的男性，因此在进行接受睾酮替代治疗的男性，需要近期进行体格检查和血液的检测，以确定睾酮的水平和是否存在副作用。
如果身体健康，通过吃睾酮素提高男性功能的想法是非常危险的，因为只有存在测定睾酮水平降低，同时存在男性雄激素缺乏的临床表现，两者同时存在的时候医生才能诊断男性雄激素缺乏，建议使用需要的雄激素。不要采取自助使用睾酮的方法，否则不单单带来不了希望的目的，只能带来身体的损伤。