甲硝唑栓在妇科疾病中，主要适用于细菌性阴道病的局部治疗，细菌性阴道病属于厌氧菌感染所引起的阴道炎症。
甲硝唑是一种比较理想的治疗药物，同时可以选择口服或者局部用药，使用甲硝唑栓进行局部用药时，一般2-3天以后症状可以缓解。阴道分泌物减少，腥臭味消失，并且外阴瘙痒以及烧灼感的症状也改善，说明甲硝唑治疗有效。
对于进行甲硝唑治疗之前首先需要明确，是否为细菌性阴道炎。细菌性阴道炎属于阴道内菌群紊乱所导致的一种阴道炎症，使阴道内产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他的微生物大量繁殖，主要是加德纳菌等厌氧菌感染为主。
所以治疗方法是使用抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑和克林霉素。另外，由于细菌感染以后导致产生有机酸和酶类，可以破坏宿主的防御机制，溶解子宫颈黏液，促进微生物上升，进入上生殖道而引起炎症。
所以对于细菌性阴道炎，如果不进行治疗，很容易导致非妊娠期女性子宫内膜炎、盆腔炎以及子宫切除术后阴道顶端感染等。因此，对于细菌性阴道病，一经诊断均需要采用药物治疗，口服用药和局部用药疗效相似，治愈率均可以达到80%左右，疗程一般为7-14天。