睡醒胃疼与饮食不当、慢性胃炎、十二指肠溃疡等因素有关。不少人会存在不当饮食习惯，经常在晚上吃难以消化的食物，比如烤肉、冰镇饮品等，这类食物不仅会对肠胃黏膜造成刺激，同时还会增加消化系统的负担。
在大量摄入这类食物后睡觉，会导致消化系统负担加重。因此在睡醒之后，消化系统因为过于疲劳而出现胃部胀痛感。慢性胃炎的患者病情会呈慢性发展，在发作时患者以胃部疼痛为表现，并且疼痛没有规律，不少患者会在睡醒时疾病发作，因此会出现胃部疼痛感觉。
十二指肠溃疡的患者会伴有饥饿性疼痛的症状，而人体在早上起床时，大多数人都会处于饥饿状态中。这时胃中的胃酸，会在高强度的状态下进入十二指肠，对十二指肠黏膜溃疡面造成侵犯，因此会引起胃部疼痛。