头疼眼睛疼原因有很多，比较常见的有以下几个方面：
第一、青光眼，青光眼会引起眼压增高，眼压增高就会导致眼睛疼，同时伴有同侧头疼。可以在眼科测眼压，把眼压降至正常之后，头疼、眼睛疼症状会自然缓解。
第二、偏头疼，偏头疼的病因不明，多见于女性，表现为一侧眼睛疼和波动样头疼，有时还伴有眼睛红、流泪，在头疼之前常常有眼睛看东西闪光或者暗影等视觉先兆。可以用麦角胺咖啡因对症治疗，缓解头疼。这是发生在海绵窦眶上裂的特发性炎症，除了头疼、眼睛疼之外，还常常伴有眼肌麻痹，需要做头颅磁共振检查，明确诊断。建议去医院神经内科就诊，明确病因，并且给予相对应治疗。