除部分由于甲状腺炎导致的一过性甲减外，甲减的患者一般都不能够被治愈，需要终身甲状腺激素替代治疗，也有少数桥本甲状腺炎的患者自发缓解的报道。而甲状腺功能减退症最主要的药物就是左甲状腺素钠片，左甲状腺素钠片根据患者的年龄、体重以及甲减的程度选择适合自己的剂量，而且建议患者口服左甲状腺素钠片后定期的内分泌科门诊就诊，根据检查的结果进行药物剂量的调整。
治疗甲减的药物还有甲状腺片，但是甲状腺片是动物来源的甲状腺干制剂，而且甲状腺片中甲状腺激素T3、T4的含量不稳定，而且T3的含量比较高。对于常规性甲状腺功能减退症患者的替代治疗，目前来说，应用甲状腺片的患者是比较少的，大部分的患者都会应用左甲状腺素钠片进行补充甲状腺激素的替代治疗。