小儿不自主摇头这只是单一的症状。要结合孩子的整体情况和年龄、伴随的症状才能诊断出病因是什么。比较有关摇头的症状，介绍如下供参考，小婴儿比较常见的是维生素D缺乏之后多汗导致头皮痒，所以就反复的摇头，磨出了枕秃。还有耳蝉、耳部的湿疹也痒和不适，也是摇头，最常见小的婴儿不会说话的。还具有巨幼细胞贫血，叶酸的缺乏，这是由于喝羊奶病史，但是它伴有贫血的表现。苯丙酮尿症也可以这样，但是有特殊智力的低下，尿呈鼠尿味。还有肝豆状核变性，摇头也比较明显，但是它伴有肝脏的损害和贫血，以及肝功能的损害。
抽动症除了摇头以外，还会有其它的一些表现，比如挤眉弄眼、摇头晃脑、做鬼脸、耸肩，这个可以区别。还有小舞蹈病，这个常见于3-5岁以上的小朋友，是风湿热活动期的标志，伴有其它的一些症状，是可以鉴别的。提供可能出现的问题，要针对孩子，除了摇头以外，其它的一些症状和体征、病史、年龄才能进行诊断到底是为什么会摇头。