非典型肺炎的病原体，临床上包括支原体病毒、衣原体、军团菌等等病原体引起的疾病导致的肺炎。病毒主要包括腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、副流感病毒以及麻疹病毒等，其中腺病毒和流感病毒引起的非典型肺炎比较常见。
非典型肺炎主要表现是弥漫的肺实质及肺泡的炎症，其中以肺间质的纤维化为基础的病变，病人会有活动性的呼吸困难，主要的表现有X光、胸片表现为弥漫的肺浸润影，患者会有限制性的通气功能障碍以及肺的弥散功能下降，有低氧血症，主要临床表现会有渐进性的、劳力性的呼吸困难，有干咳以及有杵状指，严重的会因呼吸衰竭及肺源性心脏病而导致死亡。