胃镜可以检测幽门螺杆菌，诊断幽门螺杆菌感染有许多的方法，比如胃镜下的活组织检查、胃镜下的幽门螺杆菌培养、快速尿素酶试验，都是通过胃镜检查来诊断。
目前用的最多的是吹气试验，就是碳13或碳14的呼气试验。由于这种方法操作简便、快速或安全，检查的灵密度也高，患者又没有痛苦，是近年来最受人们欢迎的一种检测幽门螺杆菌的方法。抽血检测血清中幽门螺杆菌的抗体，也可以诊断幽门螺杆菌的感染。如果检查结果是阴性，可以基本肯定是没有被感染。如果是阳性，说明体内有幽门螺杆菌抗体的存在，不能证明是否现在是现症的感染。还有一种方法是粪便的幽门螺杆菌抗原检测，就是检查粪便中幽门螺杆菌的抗原敏感性和特异性也很高，尤其适用于依从性比较差的儿童。