新冠病毒确诊最准确的方法就是做病毒分离，在气道分泌物内分离到了新型冠状病毒，就可以确诊为新型冠状病毒感染。但是病毒分离耗时比较长，获取标本比较困难，技术难度较大，所以在临床上很少使用。
临床上主要是采用鼻咽拭子抗原或核酸检测来进行确诊，就是使用拭子采样管在鼻腔和咽喉部表面轻轻擦拭，再通过 PCR技术检测新冠病毒。
但是，由于受到采集标本、送检、检测的过程中多种因素的影响，有些病例往往呈现为假阴性。因此，在临床上往往是结合临床症状、鼻咽拭子抗原或核酸检测结果，综合起来判断，以提高准确率。