孕酮低于正常值，对于妇女或者胎儿有什么样的影响取决于检测孕酮的时机，譬如在非妊娠期，由于月经的异常，有可能会在医生的建议下在月经前一周或者月经即将干净、没有干净的时候，进行孕酮的检测。
如果在下次来月经之前的一周进行的孕酮检测值提示非常低，代表着可能是没有排卵，或者黄体功能不足。这种情况下为了明确下一步的治疗方案，需要进一步的进行超声等监测，来明确是否有排卵，尤其对于一些备孕的妇女，这一点非常重要。
如果确定孕酮比较低是由于没有排卵或者黄体功能比较低，这种情况下对于即将到来的妊娠会带来比较大的困扰，严重的时候有可能会导致不孕不育。而孕酮比较低但是依然有排卵的状况，则有可能会由于黄体功能不足而导致在怀孕早期出现流产。
另外一大类就是在怀孕之后尤其是在孕早期进行的孕酮检测，可能会低于正常，这种情况下需要明确是否口服了一些保胎的药物，同时需要看绒毛膜促性腺激素水平的翻倍状况。因为目前的研究认为血清里的孕酮是由于胎儿的滋养层分泌的绒毛膜促性腺激素来刺激分泌，当胎儿很有可能会存在一些染色体疾病或先天基因异常的情况下，会出现自然淘汰的绒毛膜促性腺激素水平下降，它促进的孕酮水平自然也会低，在不久的将来非常有可能会发生自然流产。