在怀孕六周的时候有褐色分泌物，应该及时检查一下孕酮，如果有先兆流产会出现孕酮数值偏低，应该及时的补充孕酮，可以口服或者是肌肉注射黄体酮，能够增加体内的孕酮，避免流产的几率。但是如果在这期间出现褐色分泌物，没有出现孕酮降低，考虑一下应该是有妇科炎症感染，有盆腔炎、阴道炎或者是宫颈炎，这一类的疾病会出现有褐色分泌物，而且还会伴随有臭味的现象，需要检查白带，常规确定病情之后采取对症治疗的方式，平时应该尽量注意卫生，注意清洗，避免细菌感染。