血管畸形的危害主要在于血管畸形发生的位置以及生长的速度，如果血管畸形发生在重要的组织器官旁，如眼部以及气管旁，可能会导致失明或气管受压缩窄，引起呼吸困难甚至死亡的风险。
有些血管畸形，如KT综合征，这种血管畸形常会引起整个肢体的生长过快、皮肤温度升高导致肢体较对侧肢体粗、长、热，影响运动功能。
很多血管畸形还可以引起局部的面容毁损，而引起毁容的后果。对于血管畸形生长较快的，有时甚至会出现血小板消耗性减少引起出血。