做试管取卵子是通过取卵手术来实现。等卵泡发育到一定的程度，每个卵泡腔内都充满了卵泡液。取卵手术是使用一根特制的取卵针，取卵针的直径很细，是一个比较长的取卵针。取卵针的尾端会连一个专用的取卵用的腹压设备，通过阴道后穹窿穿刺进去，在B超的引导下找到卵巢，打清楚要取的卵泡的界面，然后把取卵针穿刺进去，通过负压把每个卵泡里面的卵泡液抽吸出来。
卵泡液会及时传递给胚胎实验室，胚胎实验室的技术人员会在显微镜下找到卵冠丘，也就是卵子，然后把它拣出来放到专用的培养液里面。
取卵手术是个比较小的手术，大多数的女性取卵手术不痛苦，也不需要麻醉。除非盆腔有慢性的炎症，或者卵巢的位置比较远，这种情况下可能需要提前联系麻醉师，在麻醉下施行取卵手术。