急性化脓性甲状腺炎需要与以下疾病相鉴别：
第一、亚急性甲状腺炎，疾病早期两者很难鉴别，亚急性甲状腺的吸碘率很低，碘-131摄取检查可以出现分离现象，所谓的分离现象是指血清碘-131摄取率和血清T3、T4的关系。病程初期血清T3、T4水平增高，而碘-131的摄取率减低。随着病程的进展，血清T3、T4水平逐渐降至正常水平以下，而碘-131的摄取率逐渐回升。亚急性甲状腺炎白细胞升高不明显，阿司匹林、甾体类药物可以缓解症状，类固醇激素效果更好，常有自限性，数周或者数月可以自行缓解，无需手术治疗。
第二、颈部急性感染性疾病，包括急性化脓性颈部淋巴结炎、感染性甲状舌管或鳃裂囊肿、喉软骨炎、颈前蜂窝织炎，以及甲状软骨膜炎等，因为这些感染性疾病的病变部位不在甲状腺，而在甲状腺周围，所以通过超声、CT，或核磁等影像学检查可以区别出来。
第三、恶性肿瘤，生长迅速，未分化的甲状腺癌患者年龄比较大，发音困难，甲状腺肿大处的质硬，病变范围大，甲状腺穿刺培养见不到生长的细菌，抗生素治疗无效，同时伴有乏力、消瘦，以及贫血，应该高度怀疑。
第四、转移的食管癌或转移的其他恶性肿瘤，因为肿瘤坏死或者瘘管向甲状腺部位，喉癌伴有骨的浸润，都可以有类似的化脓感染性甲状腺癌的表现。
第五、甲状腺腺瘤、囊肿，或甲状腺癌的急性出血，可以通过超声、CT和核磁共振进行甄别。