肚脐眼有臭味，是因为肚脐的皮肤有皱褶、凹陷，位置隐蔽，局部有不干净物质聚集，物质长期聚集导致细菌繁殖，尤其是厌氧菌，厌氧菌繁殖产生的细菌代谢产物就会有臭味，洗澡时多用活动性水冲洗慢慢就会好转。
有些人习惯深挖肚脐眼，导致肚脐眼周围组织的黏膜损伤后继发感染，伤口渗出液体，伤口产生脓液，这时肚脐眼也会有屎臭味，肚脐周围皮肤会有红肿、疼痛。此时，可以用络合碘适当消毒、清洗，同时口服头孢类抗生素，感染会慢慢好转。