怀孕40天可以来医院做B超，如果确定宫内怀孕，孕囊不是很大，可以选择药流或者人流终止妊娠。药流和人流各有利弊，药流的成功率比较低，大概在60%左右，40%的患者如果药流不干净，可能需要清宫，如果进行清宫手术，属于二次损伤，损伤可能比人流损伤会大一些。人工流产的损伤比药流稍微大一点，但是成功率比较高，大部分不需要再次清宫。所以要自己选择终止妊娠的方式，这两种终止妊娠的方式各有利弊，如果没有时间，最好是选择人流，因为药流要反复去医院。