双肾结石不会影响性功能，但会影响肾功能。性功能与人体丘脑释放促性腺激素减少等因素有关，也因为神经支配障碍而导致外生殖器勃起功能有关。同时也可能因为睾丸的疾病而导致激素分泌不全有关。而肾脏的结石不会引起激素分泌的异常，所以不会存在男性激素分泌下降而影响性功能的情况。同时双侧肾脏结石不会影响男性的睾丸和外生殖器，所以不会出现睾丸外生殖器相应功能的障碍而导致性功能障碍。双肾结石更不会影响神经的支配，不会导致神经支配中断或者减弱而导致性功能障碍。所以肾脏的结石不会引起性功能障碍，即便双侧肾脏结石也不会影响患者的性功能。但是双侧肾脏结石有概率造成双侧输尿管梗阻。如果一旦发生则可能会导致双肾积水，严重时可以导致患者无尿、肾衰竭、尿毒症等。