如果游离前列腺特异性抗原和总前列腺特异性抗原出现偏高的情况，说明是前列腺的疾病，既包括了前列腺的良性增生性疾病，同时也包含了前列腺癌。游离前列腺特异性抗原和总前列腺特异性抗原的明显增高，对于诊断前列腺癌具有相对的特异性。
此外，由于在某些良性的前列腺疾病当中也能够见到这两个指标增高，为了更好的鉴别前列腺的良性或者恶性疾患，常常会采用二者的比值来判定。如果游离前列腺特异性抗原与总前列腺特异性抗原的比值显著增高，常常提示是前列腺良性增生性疾病。如果二者比值降低，常常与恶性肿瘤密切相关。