咳嗽是由于延髓的呼吸中枢受到了刺激引起的，来自上呼吸道感受区的刺激传入延髓呼吸中枢，中枢再将这些冲动传向运动神经，完成咳嗽。
早上起来咳嗽，往往是经过一夜的时间，气道内的分泌物增多，夜间睡眠时，人体对于气道的刺激减弱，咳嗽反射减弱，咳嗽减少，醒来时伴有体位的变动，痰液在气道内流动，刺激了上呼吸道的神经反射，引起咳嗽增多。
早上起床咳嗽多见于有痰的咳嗽，炎症性的疾病常引起痰液分泌增多，包括咽炎、慢性或者急性支气管炎、支气管扩张、肺炎、肺脓肿等疾病常见于早上咳嗽。