藿香正气水与头孢是有很大区别的，藿香正气水属于中药，而头孢菌素属于西药成分。头孢菌素并不是仅仅指的一种西药，而是指的一大类，包括五代，每代中又含有不同的头孢菌素，所以头孢与藿香正气水的区别很大。藿香正气水主要是用来治疗急性腹泻的，在中医上认为，属于寒湿内盛的腹泻，才能够起到比较好的效果。如果是长期的慢性腹泻，是因为脾胃虚弱所导致的，藿香正气水一般不能够起到太好的效果。头孢也可以治疗腹泻的情况，只要腹泻是由敏感菌所引起的，服用头孢菌素也可以起到效果。藿香正气水与头孢菌素尽量不能够在一起使用，因为头孢菌素中有一些可能引起双硫仑样反应，而藿香正气水是含有大量乙醇的，在一起服用就有可能造成双硫仑样反应。