临床上依据甲状腺原发疾病的性质、手术的创伤大小不同，行甲状腺双侧切除后患者会出现不同的后遗症：
1、如果患者因甲状腺双侧多发腺瘤等良性疾病，行甲状腺双侧切除，术中并没有过多的清扫周边的淋巴结，不会损伤到喉返神经、甲状旁腺、食管、气管等重要的组织和脏器，手术的创伤相对较小，此时患者手术后最常见的后遗症是甲状腺功能减退，患者需要终身服用甲状腺素片，才能维持机体甲状腺素水平在正常范围之内。
2、如果患者因甲状腺恶性肿瘤行甲状腺癌根治手术，术中需要行中央组、颈侧组淋巴结清扫，手术的创伤相对较大，常会损伤到喉返神经、甲状旁腺。术后患者会伴有明显的甲状腺功能减退、声音嘶哑、肌钙抽搐等后遗症。