肌电图的使用主要在于诊断和鉴别诊断神经源性损害、肌源性损害。排除神经肌肉接头病变，特别是对于早期运动神经元病、深度肌肉萎缩、肥胖儿童的肌肉萎缩等可以进行诊断，为诊断提供客观的依据。结合神经传导速度的结果，有助于对脊髓前角细胞、神经根和神经丛病变的定位。
近年来肛门括约肌肌电图检查，特别是卫星电位的发现，是诊断多系统萎缩的一个重要的客观指标。肌电图临床应用相对较广泛，对于神经科的诊断而言，肌电图是一种重要的神经电生理检查方法。