扁桃体是一对扁圆形的淋巴器官位于扁桃体窝内，扁桃体窝主要治口咽外侧壁在腭咽弓和腭舌弓之间的三角形凹陷。黏膜上皮上向实质内下线，形成小窝称为扁桃体小窝，扁桃体前下部分被腭舌弓遮盖，其上端未被覆盖的部分由结缔组织构成。
扁桃体体囊包绕子囊仅借助疏松的结缔组织与咽肌相连，此处常是扁桃体周围脓肿形成的部位，咽淋巴环有腭扁桃体、扁桃体、咽鼓管扁桃体、舌扁桃体组成。