三个月的宝宝鼻塞要进行以下的治疗：
一、用生理海盐水冲洗鼻腔，冲洗掉分泌物、过敏原以及致病原，缓解宝宝鼻塞的症状。
二、如果宝宝鼻塞严重，可以滴呋麻滴鼻剂或麻黄素滴鼻剂，缓解鼻塞症状，但是此类药物容易造成鼻黏膜干燥，不能用的时间太长。
三、口服清热解毒的中药，如感冒合剂、感冒宁糖浆等，有助于缓解鼻塞的症状。
四、三个月的宝宝鼻塞可能是呼吸道感染引起的，给予宝宝少量多次的喝温开水，有助于清洁口腔，降低口腔致病菌的浓度。
五，注意居室卫生，每天最少通风两次，每次半小时以上，降低室内致病菌的浓度，另外要勤洗手、注意防护，防止交叉感染。
宝宝如果鼻塞严重要及时就诊，注意先天性的发育异常。