1、胸部平片：变态反应性支气管肺曲菌病示肺纹理增多或肺部浸润，侵袭型肺曲霉病示支气管肺炎改变。曲霉菌球常位于空洞内，空洞呈半月形气影，球体似钟摆样随体位改变而移动。
2、痰培养：痰培养结果示曲霉菌阳性者需要反复做痰培养，对诊断有帮助意义。
3、纤维支气管镜：患者需要进一步检查时，可以选择纤维支气管镜进行取病理活检，对发病部位及性质诊断更加准确可靠。
4、X线检查：对于曲菌球的诊断只有在典型“新月征”出现时才能起到作用，当X线表现不典型时诊断较为困难。
5、CT检查：具有较高的密度分辨力及高分辨率，可以从不典型征象中找到“月晕征”“浮莲征”“串珠征”等怀疑曲菌病的诊断线索，故胸部CT对曲菌病的早期诊断具有极其重要的意义。
6、微生物检查：痰液或支气管肺泡灌洗液直接镜检或细胞学检查见到分隔菌丝，其上有特征性的二分叉结构最有意义，患者就诊初期先行痰涂片检查，方便快捷，有助于该病早期诊断，但因空气中常有曲霉菌存在，故应谨慎对待痰涂片结果，一般认为免疫功能正常者痰中分离出曲霉菌通常代表定植，而高危患者痰曲霉菌阳性可以预测感染。
7、曲霉菌素皮肤试验：用曲霉抗原做皮肤试验有助于过敏性曲霉菌病的诊断，肺曲菌球、过敏性曲霉菌病患者皮试常为阳性。但严重患者可因免疫受损而出现假阴性。
8、组织病理学检查：通过针吸或活检肺组织标本H染色、PAS染色发现曲霉菌是诊断的金标准，高度怀疑曲霉菌感染但又缺乏微生物学证据时，在患者能耐受该项检查的情况下可采取。