睡觉如果咬了舌头两侧疼醒了，有如下几个因素：1、神经系统因素，常因睡觉前患脑血管意外或者出现急性脑卒中，例如出现急性脑出血、脑梗塞、脑栓塞、脑梗死，在睡觉时会有不自觉咬舌头的情况出现，如果剧烈疼痛时就会导致患者惊醒。2、睡觉咬舌头还可能是因为神经系统功能不调而出现梦魇，植物神经功能紊乱时休息和睡眠不足，也会在睡眠时出现梦魇，例如睡眠时做恶梦会导致咬舌头、疼醒。3、如果口腔内存在细菌、真菌、病毒感染时，也会让口腔出现急性口腔炎，此时就会咬舌头而且舌头自觉增大。