肾有点隐隐作痛可能的原因有感染性疾病、肾小球疾病和肾功能损伤，具体如下：
1、感染性疾病包括急性肾盂肾炎、慢性肾盂肾炎、长期的感染和反复发作，导致肾脏有隐隐作痛，可能出现了肾周围炎、肾积水以及肾积脓等，常伴随其他的症状。
2、肾小球疾病，如果有急性肾炎、急进性肾小球肾炎、肾病综合征，肾脏会增大，包膜受牵拉，会出现肾脏有时隐隐作痛。
3、肾功能不全，如急性肾功能损伤后会导致肾有点隐隐作痛。