肾囊肿手术分为单纯性的肾囊肿手术和复杂性的肾囊肿手术，单纯性的肾囊肿，也就是良性肾囊肿，进行穿刺抽液术一般没有什么风险，最多常见的是少量的出血，或者疼痛，这种疼痛病人可以忍受。
如果是复杂性肾囊肿进行手术，最常见的就是多囊肾造成的肾脏囊肿过大，往往大于几十公分，需要在外科或内科下行手术。
这种手术风险比较大，最大的风险就是出血、感染以及重新复发，感染的多囊肾囊肿不容易控制，最常见的是内源性的病原微生物侵入囊肿，引起的体温升高，可见于很多多囊肾的病人。
如果出血也不容易控制，因为肾囊肿在体内，不容易应用外界的操作进行控制止血，只能用止血药物，效果不是很理想。
所以肾囊肿手术需要根据囊肿的性质，判断是否有风险。