骨囊肿的手术治疗可以通过以下几种方法，一种方法是清除病灶加植骨内固定，主要用于股骨上段病变，合并髋内翻或髋外翻，以及多次发生病理性骨折，病灶范围很大，用开窗难以彻底清除病灶者，手术的目的则能清除，彻底清除病灶，同时矫正髋内翻或髋外翻。
另外一种方法，是开窗彻底刮除病灶，加植骨术，手术的要点是骨窗要开的足够大，一般应与病灶的长短相一致，囊腔内各个角落均在直视之下。另外刮除要彻底，特别是进骨窗的周围及凹陷处可用大小不同的刮匙，完全刮出囊壁包膜，病灶清除后可用碘酒、乙醇冲洗，植骨要充分不存留死腔，用自体骨或异体骨植骨，以自体骨愈合率为高。