怀孕三个月的时候出现小肚子疼痛，假如是阵发性疼痛，很可能是先兆流产引起的，建议及时的到医院检查，了解引起肚子痛的原因。如果是先兆流产，建议临床上积极的卧床休息，并且给予相应的药物安胎治疗。胃肠道疾病导致的肚子疼痛，伴有大便性状的改变或者大便次数的增加，结合临床病史给予分析，必要的时候可以做大便常规的化验检查。小肚子疼痛有可能是泌尿系疾病引起的，比如膀胱的炎症可能会导致下腹部出现疼痛，经过检查尿常规鉴别腹痛是不是泌尿系统的疾病引起的。