在脓肿形成前可采用抗生素控制感染，口服头孢类抗生素，如头孢克肟、头孢他啶，及抗厌氧菌抗生素，如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等。使用抗菌药膏局部外敷，消炎消肿，如红霉素软膏、金霉素软膏、百多邦软膏等。
脓肿形成后需行手术治疗，尽快行脓肿切开引流手术，术后抗炎治疗，使用头孢类抗生素和抗厌氧菌抗生素，联合应用控制感染。同时，使用高锰酸钾温水坐浴或温水加碘伏坐浴，疼痛严重者可使用吲哚美辛栓肛门塞入止痛，或口服布洛芬、双氯芬酸缓解肛门区疼痛症状。