射精后尿道疼最常见于慢性前列腺炎病人，病人发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，会导致黏膜红肿、糜烂。由于炎症刺激会引起前列腺腺体炎性肿大，致病微生物还会引起精液感染，在精液中大量致病微生物繁殖。在射精后当大量致病微生物射到糜烂的后尿道黏膜时，会出现后尿道疼痛症状。
病人出现射精后疼痛症状时，需及时到泌尿外科或男科就医。通过精液细菌培养、精液支原体、衣原体培养常常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散，配合中成药物热淋清颗粒治疗，多数男性射精后尿道疼症状会明显好转。