上腭囊肿切除的手术步骤如下：
1、应该进行局部消毒，一般是用碘伏进行口周皮肤消毒，再用碘伏稀释溶液进行口内消毒。
2、麻醉，需要进行局部麻醉或者邻近的神经阻滞麻醉，待麻药显效以后才能进行手术。
3、切开，可以从唇侧的牙龈缘和牙槽黏膜做梯形或者角形切口，也可以从腭侧的牙龈缘作切口。
4、剥离黏膜骨膜，显露牙槽突和颌骨表面。
5、如果表面已经没有骨质，可以直接沿着囊壁进行钝性剥离。如果表面还有一层薄薄的骨质，需要先去除骨质，漏出囊壁，再沿着囊壁钝性剥离，这样就可以将囊肿完整摘除。
6、缝合。