睡眠脑电图主要检查的目的是来判断癫痫确诊，或者找到癫痫放电的起源，主要针对癫痫的诊断看有没有异常放电。睡眠期的脑电跟清醒期的脑电比较，观察是不是有什么变化，来判断属于哪种癫痫。在癫痫进行减药的时候，可以根据癫痫放电多少来进行调整药物。
同时有一部分是用来做睡眠障碍的检查，可以通过判断睡眠周期的变化，来判断睡眠障碍是属于哪一种睡眠障碍。可以通过快速眼动期的睡眠脑电、肌电的表现，以及非快速眼动期的几个睡眠阶段，从浅睡眠、中睡眠、深睡眠的阶段来判断睡眠障碍的原因。