子宫内膜异位症最常发生的部位，临床上比较多见于卵巢，卵巢发生子宫内膜异位症，可以表现为卵巢子宫内膜异位囊肿，临床上也叫卵巢的巧克力囊肿。除此以外，也可以发生在子宫的肌层，子宫肌层出现子宫内膜异位症临床上比较多见的是子宫腺肌症，表现为子宫体积的增大，子宫肌层球形改变，也可以形成子宫腺肌瘤的表现。
此外，子宫的内膜异位症也可以发生在盆腔，像盆壁、肠管、骶韧带都可以出现子宫内膜异位症，也就叫盆腔子宫内膜异位症，子宫内膜异位症也可以形成远处的转移，像肠道、膀胱、直肠黏膜处都可以出现子宫内膜异位症的发生。