由于手足口病初期的症状一般不特异，可以伴有发热或者有厌食、口唇的疼痛，以及个别孩子可能会出现有胃肠道症状，这种情况下治疗主要是对症治疗。因为手足口病目前还没有特效的抗病毒药物，以及特异性的治疗手段，所以治疗主要是对症。
如果孩子有发热，这时候需要及时测量体温，如果孩子的体温不超过38.5℃，尽量物理降温，多喝水、贴退热贴、温水擦拭孩子的身体，或者洗温水澡。如果孩子体温超过38.5℃以上，可以口服布洛芬或者对乙酰氨基酚类的退烧药，也可以用布洛芬栓或者对乙酰氨基酚栓，同时饮食方面要注意尽量清淡饮食。
由于手足口病的孩子口腔有疱疹，会出现口腔疼痛不敢进食。所以进食的时候尽量选择流食，同时尽量不要选择过咸的食物，以免刺激孩子破溃的伤口导致孩子疼痛加重。