儿童做头部CT没有太大的危害，CT是通过X线进行扫描，主要的副作用可能存在辐射的问题，但是做头部CT时候辅射的量非常小，在人体的承受范围之内，不会对儿童造成任何危害。通过头颅CT的平扫，可以对患者颅内血管的问题或颅内疾病进行诊断。
儿童如果怀疑是脑部肿瘤或脑外伤，一定要做头部CT检查，做出初步的判断。头部CT检查在临床上比较广泛，主要用于脑出血、脑外伤、颅内的血肿、蛛网膜下腔出血、脑梗死、脑部的肿瘤、脑部的占位，还有脑积水、脑萎缩、脑部的寄生虫病、脑炎等疾病作出诊断。